La estructura de la investigación e innovación del conocimiento producido en el Programa se organiza en cinco Campos de conocimiento (que equivalen a las Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento).
Han sido concebidos a partir de criterios de periodización flexibles que abordan tanto por su temporalidad como por su designación la Historia de México y la mundial.
Por su parte, las líneas de investigación oficiales son:
En realidad son denominaciones genéricas que incluyen las específicas y que permite incorporar enfoques y contenidos especializados acordes con las necesidades sociales y problemáticas actuales, como son los estudios de grupos poco estudiados en la historiografía oficial, como los pueblos indígenas, los migrantes; la historia de género, la sexualidad, las mujeres y los LGBT+; de las desigualdades, violencias y resistencias; de la democracia, los derechos humanos, la migración, el exilio y el periodismo; de la educación, la ciencia y la tecnología; del derecho, la criminalidad y la justicia; la historia intelectual, del discurso, lo imaginario y las representaciones; del cuerpo, los sentidos y las emociones; la historia de las religiones, la militar, la urbana, la ambiental y de la alimentación; la historia del arte como expresión cultural, social y política; la historia regional, la cotidiana, la microhistoria, la paleografía, la epigrafía, la archivística, la genealogía, la oral, la memoria histórica, entre otras. La combinación de campos de conocimiento y líneas de investigación permite atender problemáticas específicas.
La combinación de los campos de conocimiento y las líneas de investigación, permiten al alumno inscribir sus proyectos de tesis bajo una óptica de múltiples y variadas posibilidades, acordes a sus intereses particulares. De esta manera, la idea es que el estudiante establezca un diálogo teórico-metodológico entre los campos de conocimiento y otras disciplinas afines y que genere un conocimiento inter, multi y transdisciplinar de vanguardia al tiempo que tenga una incidencia social para atender problemáticas nacionales a través del fortalecimiento de la cultura y las humanidades, no solo a través de la investigación, sino del rescate y resguardo patrimonial, la educación y la divulgación.
Las investigaciones de los alumnos del Programa de doctorado, fortalecen la cultura y las humanidades, y a partir de ello tienen una incidencia social en los PRONACE, principalmente en el de “Memoria histórica y riqueza biocultural”. Asimismo, 39 (65%) de las investigaciones de los graduados de las generaciones del Plan vigente (de la 2012 a la 2016), y 46 (36%) de las de alumnos vigentes o en proceso de graduación llevan tienen incidencia en PRONACES como “Violencias estructurales y desigualdades”, 13 (21.66%) en “Educación para la inclusión y la paz”, 6 de los graduados (10%) en “Movilidad y derechos humanos”, aunque también algunas investigaciones inciden en áreas como “Soberanía alimentaria”, “Sistemas socioecológicos y sustentabilidad”, “Agentes tóxicos y procesos contaminantes”, Agua, “Ciudades sustentables”.